Servus Thomas,
genau vor der selben Frage bin ich auch gestanden 
Um dir weiterzuhelfen habe ich mich gerade hier im Forum angemeldet, also erstmal ein Servus in die Runde!
Ist zwar schon ne Zeit her, aber ich hatte 2010 eine F800GS für eine Saison und ca. 10000km. Wie du schreibst, fand ich dieses Motorrad auch echt gut, mit folgenden Abstrichen im Originalzustand.
Die Sitzbank war mir für längere Strecken (>400km) zu unbequem. Der Windschutz, wenn man doch mal auf die BAB muss und über 120km/h für längere Zeit fährt, nicht wirklich ausreichend (bin 1,83m groß).
Der Motor hätte natürlich ein bisschen mehr Dampf haben können, aber des is ein anderes Thema
Bin auch eine 990er Adventure im Vergleich mal Probe gefahren und muss sagen, die Vibrationen waren deutlich stärker wie bei der GS, aber Fahrwerk + speziell der Motor ein Traum…
Das bemängeln an obenstehende Motorrädern ist natürlich jammern auf hohem Niveau!
Hab mir auch schon die 1200er GS angeschaut, probegesessen usw. aber mir ist sie zu globig/schwer und nicht direkt das was will, da ich bis Juni mit dem Gedanken gespielt habe, mir eine 690 KTM umzubauen.
Nun im Vergleich zu AT, die ich mir im Juni nach einer 45min Probefahrt gekauft habe, obwohl ich sie mir eigentlich nur interessehalber anschauen wollte…! Darüber kann sich jeder seine eigene Meinung machen
Fährt sich super handlich und ist trotzdem bei höherer Geschwindigkeit sehr stabil. Der Windschutz ist bei meiner Körpergröße, mit Originalsitzbank in hoher Einstellung bis 140km/h gut und im Vergleich zur 800er GS deutlich besser. Vibrationen sind im Vergleich zur GS auch quasi nicht vorhanden. Wobei ich die Vibrationen bei der GS auch nicht soo schlimm fand!
Anders als du vielleicht vermutest, finde ich den Motor der AT viel schöner zu fahren wie bei der GS!! Papierdaten sind halt nur Zahlen… Die AT fährt sich entspannter, da das nutzbare Drehzahlband deutlich größer ist als beim 800er von BMW/Rotax. Die GS braucht schon mehr Drehzahl und muss in gewisser Weise ausgequetscht werden damit was geht. Die Karre wiegt ja auch ein bissl was…
Auch zu berücksichtigen - die Verarbeitungsqualität ist bei beiden Motorräder sehr gut, aber bei BMW meiner Meinung nach einen ticken besser. Die Erstbereifung der AT find ich nicht so gut gewählt. Licht der AT viel besser als bei meiner GS damals. Soweit ich mich richtig erinnere ist die Sitzhöhe der AT geringer wie bei der GS.
Abschließend, die AT kann alles besser wie die 800er GS, ist meiner Meinung nach schöner zu fahren und das bessere Motorrad. Das ist aber alles mein eigenes Empfinden und jeder hat andere Ansprüche! 1200er Tenere ist mir vom optischen mal abgesehen, zu schwer und kein Händler in meiner näheren Umgebung…
Hoffe ich konnte dir weiterhelfen,
Grüße Wolfgang